វ.គ.ស.ក. ត្រូវមានលេខាធិការដ្ឋានមួយជាសេនាធិការរដ្ឋបាល និងបច្ចេកទេសអចិន្រ្តៃយ៍។ លេខាធិការដ្ឋានត្រូវដឹកនាំដោយនាយកប្រតិបត្តិ ១ (មួយ) រូប ដែលត្រូវជ្រើសរើស និងតែងតាំងដោយក្រុមប្រឹក្សាភិបាលនៃ វ.គ.ស.ក.។ នាយកប្រតិបត្តិទទួលខុសត្រូវលើការគ្រប់គ្រងនិង សម្របសម្រួលកិច្ចការប្រតិបត្តិប្រចាំថ្ងៃរបស់ វ.គ.ស.ក.។

លេខាធិការដ្ឋាននៃ វ.គ.ស.ក. មានមុខងារនិងភារកិច្ចដូចខាងក្រោម៖

• រៀបចំគ្រប់គ្រង និងសម្របសម្រួលការងាររដ្ឋបាល បុគ្គលិក និងហរិញ្ញវត្ថុរបស់ វ.គ.ស.ក.
• រៀបចំកិច្ចប្រជុំរបស់ វ.គ.ស.ក.
• រៀបចំនិងអនុវត្ត ផែនការយុទ្ធសាស្ត្រ ផែនការសកម្មភាព គម្រោងថវិកាប្រចាំឆ្នាំ និងផែនការនានា របស់ វ.គ.ស.ក.
• រៀបចំសេចក្តីព្រាងគោលនយោបាយ និងវិធាននានាសម្រាប់ការគ្រប់គ្រង វ.គ.ស.ក.
• លើកសំណើសុំបើកការិយាល័យនៅតាម បណ្តាខេត្តទូទាំងព្រះរាជាណាចក្រកម្ពុជា ដើម្បីដាក់ជូនក្រុមប្រឹក្សាភិបាលពិនិត្យនិងសម្រេច
• សហការយ៉ាងជិតស្និទ្ធជាមួយគ្រឹះស្ថានឧត្តមសិក្សាជាតិ និងអន្តរជាតិដើម្បីជំរុញ ការអនុវត្តកម្មវិធីសិក្សាគណនេយ្យស្រប តាមបទដ្ឋានអន្តរជាតិ
• ធ្វើជាតំណាង វ.គ.ស.ក. ក្នុងទំនាក់ទំនងជាមួយតតិយជន ដូចជា ស្ថាប័ននិយ័តករជាតិ  ស្ថាប័នវិជ្ជាជីវៈគណនេយ្យក្នុងតំបន់ និងអន្តរជាតិដើម្បីលើកកម្ពស់ និងការពារវិជ្ជាជីវៈគណនេយ្យនិងសវនកម្មនៅកម្ពុជា
• រាយការណ៍ជាលាយលក្ខណ៍អក្សរ អំពីលទ្ធផលនៃការអនុវត្តផែនការ និងថវិកាប្រចាំឆមាស និងប្រចាំឆ្នាំជូនក្រុមប្រឹក្សាភិបាលរបស់ វ.គ.ស.ក.
• អនុវត្តភារកិច្ចផ្សេងទៀតដែលប្រធានក្រុមប្រឹក្សាភិបាល នៃ វ.គ.ស.ក.ប្រគល់ជូន។